هر ساله دفترچه ثبت نام آزمون ارشد پزشکی 98 به صورت همزمان با آغازثبت نام آزمون کارشناسی ارشد وزارت بهداشت 98منتشر می شود. آزمون ارشد علوم پزشکی 98 دانشگاه های سراسری و دانشگاه آزاد بطور مشترک است و مرکز سنجش آموزش پزشکی تنها یک دفترچه راهنمای ثبت نام آزمون ارشد وزارت بهداشت 98 منتشر می کند و آن دسته از متقاضیانی که قصد شرکت در آزمون ارشد پزشکی دانشگاه آزاد دارند می بایست در آزمون ارشد علوم پزشکی وزارت بهداشت نیز اقدام به ثبت نام نمایند . مراحل ثبت نام آزمون ارشد پزشکی 98 به صورت اینترنتی انجام می شود و داوطلبان باید مطالب مندرج در دفترچه راهنمای ثبت را به دقت مطالعه نمایند و از تمامی شرایط ثبت نام آزمون ارشد پزشکی 98 مطلع شوند.